MRI 파일을 다룰 때 유용한 어플리케이션들

볼륨랜더링으로 졸업연구를 하다보니, MRI 데이터 파일을 다뤄야 했다. 라이브러리나 여타 문제가 있어서 그 데이터 파일의 형식(확장자)을 변경하거나, 파일의 속성을 수정하는 것이 필요한 일도 잦았다.

내가 가진 것은 .nii (NIfTI) 파일로 시작했다는 것을 참고하고, 몇 어플을 소개하려 한다.



1. ImageJ

ImageJ 는 간단하면서도 여러모로 유용한 어플리케이션이다. .nii, .tif 등등의 파일들을 로드할 수 있음은 물론, 다른 포멧으로 변경하여 저장할 수도 있다.
또 Image Sequence라고 해서 한 파일로 만들 수도 있고, 낱장의 다수의 파일로 만들어 저장할 수도 있다.

또 중요한 기능으로는 데이터의 bit수 전환도 가능하며,
여러가지 프로세싱 (smoothing 등)도 가능하다.

http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html 

2. MITK-3M 3rd Millenium Imaging

     이 어플리케이션도 3D 데이터를 다루는데 매우 유용하면서 직관적이면서 여러 기능이 포함된 어플이다. 다양한 3D 데이터를 로드하여 보여줄 수 있음은 물론, 다른 어플에서 잘 되지 않는 vti 파일 형식으로의 저장도 가능하다. 또 로드한 데이터의 방향 뿐만이 아니라 3가지 방향( x, y, z축)으로 데이터를 볼 수 있으며, 이의 상대적인 위치도 정리해서 보여준다.
     또, 데이터파일의 gray value등을 이용해서 그에 대한 히스토그램을 그리거나, Segmentation을 수동으로 수행할 수 있는 것도 큰 장점이다. Segmentation의 경우, 수동으로 Segmentation을 한 다음에 Mask map으로 저장하게 되는데, Mask map이란 특정 부분은 1, 나머지부분은 0으로 표현하는 또 다른 데이터를 의미한다. (다른 포스트에서 Segmentation에 관련된 글들을 쓰도록 하겠다.)

http://www.mitk.net/





3. ITK-SNAP

     이 어플도 3D 데이터를 로딩하고 다른 파일로 저장하는데는 별 문제가 없다. (vti 파일로 저장 또는 다룰때에는 2번에 소개된 MITK 어플리케이션을 이용하도록) 또 ITK-SNAP이 가진 최대의 장점이 있는데, Segmentation을 조금 더 똑똑하게 진행시킬 수 있다는 것이다. 유저가 직접 그려서 하는 Segmentation외에도 SNAP-tool을 이용해서 알고리즘을 이용하여 segmenation을 진행시키는 기능이 있는데, 아주 똑똑하며, 잘만 사용하면 원하는 크기, 모양의 mask map을 만들 수 있다.

http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Main.Downloads



Segmentation에 대해서는 다음 포스트에서 정리하겠다.